中国水利工程协会于2005年8月18日召开成立大会，是由全国水利工程建设管理、施工、监理、运行管理、维修养护等企、事业单位及热心水利事业的其他相关组织和个人，自愿结成的非营利性、全国性的行业自律组织。中国水利工程协会经中华人民共和国国务院批准，民政部注册，水利部主管。

中国水利工程协会的宗旨：团结广大会员遵守宪法、法律、法规， 遵守社会道德风尚；贯彻执行国家有关方针政策；促进社会主义物质文明、精神文明和和谐社会建设；服务于政府、服务于社会、服务于会员；维护会员的合法权益；起到联系政府与会员之间的桥梁与纽带作用，发展繁荣水利事业。

中国水利工程协会理事会常设办事机构为秘书处，负责处理协会日常工作，实行理事会领导下的秘书长负责制。秘书处内部机构有综合部、会员管理部、资格资质管理部、教育培训部、信用管理部、质量安全部、科技发展部。凡拥护本会章程，自愿加入并积极支持和参与协会活动的中国境内的水利工程建设管理、施工、监理、运行管理、维修养护的企事业单位及其他相关组织和个人，均可自愿申请成为单位会员和个人会员。

中国水利工程协会于2016年12月23日在北京隆重召开了第三次全国会员代表大会暨第三届理事会第一次会议，选举产生了协会第三届领导机构。